Die dem BMVgBundesministerium der Verteidigung unmittelbar unterstellten Dienststellen sind vereinzelt keinem Organisationsbereich zugeordnet. Sie sind zwar nicht Teil des Verteidigungsministeriums, ihre Steuerung aber obliegt den fachlich zuständigen Bereichen im BMVgBundesministerium der Verteidigung. Die unmittelbar unterstellten Dienststellen sind das Operative Führungskommando, das Unterstützungskommando der Bundeswehr, das Einsatzführungskommando, die Führungsakademie, das Planungsamt der Bundeswehr sowie das Zentrum Innere Führung. Das Bundesamt für den Militärischen Abschirmdienst ist als zivile Stelle dem BMVgBundesministerium der Verteidigung unterstellt.
Im 2024 neu aufgestellten Operativen Führungskommando der Bundeswehr werden die nationale und streitkräfteübergreifende Operationsplanung, -führung und -auswertung der Bundeswehr übernommen. Das neue Kommando wird Schritt für Schritt das Personal und die Aufgaben des Territorialen Führungskommandos und des Einsatzführungskommandos übernehmen. Ab dem 1. April 2025 soll es vollständig einsatzbereit sein und die operative Führung aus einer Hand für die Bundeswehr im In- und Ausland verantworten. Das Kommando ist dem Generalinspekteur unterstellt und in Berlin sowie in Schwielowsee beheimatet. Es umfasst rund 1.400 militärische und zivile Dienstposten.
Das Unterstützungskommando bündelt die Unterstützungskräfte der Bundeswehr und streitkräftegemeinsamen Fähigkeiten. Dazu gehören zum Beispiel die sanitätsdienstliche Versorgung, die Logistik, das Feldjägerwesen samt Wachbataillon, die ABCAtomar, Biologisch, Chemisch-Abwehr, die Zivil-Militärische Zusammenarbeit, die Truppenübungsplätze, das Planungsamt und das Streitkräfteamt. Es übernimmt die truppendienstliche Führung von knapp 55.000 Soldatinnen und Soldaten sowie zivilen Mitarbeitenden. So werden die unterstellten Fähigkeits- und Fachkommandos entlastet und können sie sich auf ihre Unterstützungsaufträge für die Teilstreitkräfte sowie die Fähigkeitsweiterentwicklung konzentrieren. Zum 1. April 2025 wird das Unterstützungskommando mit seinen rund 750 Dienstposten die volle Einsatzbereitschaft herstellen.
Die Führungsakademie der Bundeswehr mit Sitz in Hamburg ist die höchste Ausbildungsstätte der Truppe. Seit 1957 werden hier militärische Spitzenkräfte für ihre Aufgaben in den Streitkräften, der NATONorth Atlantic Treaty Organization, EUEuropäische Union und den Vereinten Nationen vorbereitet. Das Aus- und Fortbildungsangebot durchlaufen zudem ausländische Offiziere aus rund 50 Partnerländern. Die Akademie bildet in jedem Jahr mehr als 2.000 Teilnehmer in über 30 verschiedenen Lehrgängen und Seminaren aus. Den vier Fachbereichen stehen rund 120 Dozenten und über 500 Gastdozenten zur Verfügung. Kommandeur der Führungsakademie ist seit 2023 Konteradmiral Ralf Kuchler.
Der Militärische Abschirmdienst ist neben dem Bundesamt für Verfassungsschutz und dem Bundesnachrichtendienst der dritte von drei Nachrichtendiensten des Bundes. Die Zentrale mit fünf Abteilungen befindet sich in Köln. Hinzu kommen acht Außenstellen im gesamten Bundesgebiet. Das BAMADBundesamt für den Militärischen Abschirmdienst nimmt im Geschäftsbereich des BMVgBundesministerium der Verteidigung die Aufgabe einer Verfassungsschutzbehörde wahr. Er sammelt und wertet Informationen über verfassungsfeindliche Bestrebungen, Spionage- und Sabotageaktivitäten in der Bundeswehr aus. Er beurteilt zudem die Gefährdungslage von Einrichtungen der Truppe im In- und Ausland und führt Sicherheitsüberprüfungen von Bewerbern und Angehörigen der Bundeswehr durch. Dem BAMADBundesamt für den Militärischen Abschirmdienst gehören rund 1.200 Soldaten und zivile Mitarbeiter an. Präsidentin ist seit November 2020 Martina Rosenberg.
Das Zentrum Innere Führung ist die zentrale Einrichtung der Bundeswehr für die Weiterentwicklung und Vermittlung des Konzepts der „Inneren Führung“. Es trägt dazu bei, dass das Leitbild vom „Staatsbürger in Uniform“ sowohl in der Truppe als auch in der Gesellschaft sichtbar und erlebbar wird. Die im Oktober 1956 gegründete Einrichtung hat ihren Sitz in Koblenz und verfügt über eine Außenstelle in Strausberg. Jährlich nehmen über 12.000 Personen am vielfältigen Lehr- und Bildungsangebot teil. Seit 2017 sind dem Zentrum Innere Führung auch das Zentrum für Militärgeschichte und Sozialwissenschaften der Bundeswehr und das Militärhistorische Museum unterstellt.
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